O nome do município é uma referência às primeiras residências construídas na entrada de uma grande mata, estendida rumo a Atalaia. As terras ofereciam condições para a implantação de sítios e fazendas, que desenvolviam as lavouras e a criação de gado. A maior parte das terras pertencia ao Engenho Santa Rita, de propriedade de Antonio Pinto da Cunha Coutinho. E a primeira capela foi obra de Pedro Simões, antigo proprietário do engenho Mucambo.

Com o rápido desenvolvimento do povoado, surgiu o movimento pela emancipação. Uma lei elevou a vila à condição de município autônomo, mas a lei não foi cumprida e Boca da Mata permaneceu integrada a São Miguel dos Campos. Registrado na divisão administrativa em vigor no ano de 1955, quando possuía 463 habitantes e 160 domicílios. A emancipação aconteceu em 1958.